ที่ผ่านมากำปงถูกน้ำท่วมอย่างต่อเนื่อง เมื่อฝนตกหนักตรงกับช่วงน้ำขึ้น น้ำท่วมฉับพลันเช่นนี้ส่งผลให้พื้นที่ลุ่มต่ำอย่างกำปง ลอรอง บ่วงก๊ก ระดับน้ำในท่อระบายน้ำและลำคลองเพิ่มสูงขึ้นจนไม่สามารถระบายออกได้เร็วพอทำให้เกิดน้ำท่วม ในช่วงคริสต์ทศวรรษ 1970 มีการสร้างคลองที่ถนนเจอราล์ด (Gerald Drive) เพื่อพยายามแบ่งลดหรือซับน้ำจากน้ำท่วม อย่างไรก็ตามพิสูจน์แล้วว่ายังไม่เพียงพอเมื่อต้องเผชิญกับอุทกภัยขนาดใหญ่ ขณะนี้พื้นที่ยังคงได้รับผลกระทบจากน้ำท่วมซึ่งล่าสุดเกิดขึ้นในปีพ.ศ. 2549 แผนการปรับปรุงระบบระบายน้ำและการยกระดับพื้นดินมูลค่า 10 ล้านดอลลาร์ถูกยกเลิกเนื่องจากมีการกล่าวกันว่าเป็นโครงการที่ไม่มีประสิทธิภาพสำหรับชุมชนที่มีขนาดเพียง 28 ครัวเรือน